現行の消費税法では課税売上割合が95%以上の場合
その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額の全額を
課税売上に係る消費税額から控除できます。
平成23年度税制改正大綱においては、この制度の適用対象が
その課税期間の課税売上高が5億円以下の事業者に限定される
ことになりました。
つまり、課税売上高が5億円を超える事業者はたとえ課税売上
割合が95%以上であっても、いわゆる「個別対応方式」と
「一括比例配分方式」との選択により控除対象仕入税額を
計算しなければならなくなります。
以前より申告計算に手間がかかることになり、仕入税額控除が
少なくなるので影響は大きいといえます。対象となる事業者は
事務負担等の増加に備える必要があるでしょう。
この改正は、平成24年4月1日以後に開始する課税期間から
適用開始とされています。
現在は改正案の段階ですので実際の法令上の取扱い等、今後の
動向にご留意ください。